在党的十九届五中全会上，习近平总书记从方法论的角度总结道：“在这个过程中，系统观念是具有基础性的思想和工作方法。”“坚持系统观念”为新发展阶段、新发展格局下释放科技创新活力，发挥科技创新动能，加快科技创新发展，实现科技自立自强，提供了思想方法上的根本遵循。因此，要遵循系统论基本原理，从把握系统特征的视角谋划科技体制改革与创新。
注重系统的动态性，加强前瞻性思考。系统作为一个运动状态的有机体，动态性或时变性是其基本特征。科学发展、技术创新、产业革命是一个不断变化的动态过程，科学理论、研究范式、产业工艺、组织模式、规章制度等都具有很强的时限性。这就要求我们要加强前瞻性思考，主动顺应世界科技革命发展趋势，增强科技洞察力、认知力、创新力，前瞻设计，超前布局，赢得新优势，积极抢占未来世界科技创新发展的制高点，勇于挑战最前沿的科学问题，提出更多原创理论，作出更多原创发现，努力实现更多“从0到1”的突破，力争在重要科技领域实现跨越发展，引领世界科技发展新方向，掌握新一轮全球科技竞争的战略主动。
注重系统的整体性，加强全局性谋划。整体性或全局性是系统论的首要观点，要求在认知和处理问题时，必须着眼于事物的整体来绸缪全局，把整体的效益和功能的优化作为根本归宿和出发点。科技创新要着眼“五位一体”总体布局和“四个全面”战略布局开展顶层性设计、总体性架构。着力固根基、扬优势、补短板、强弱项，加快补齐科技治理体系和治理能力短板，探索和优化决策指挥、组织管理、人才激励、市场环境等方面体制机制创新，构建能力强大、功能完备、军民融合、资源高效配置的国家创新体系。
注重系统的协同性，加强整体性推进。系统的协同性也称关联性、相关性，表现系统各元素在整体发展运行过程中协调合作的性质。创新是一个系统工程，创新链、产业链、资金链、政策链相互交织、相互支撑，必须全面部署、协同推进。要对各个层面的科技力量进行合理布局和统筹安排，促进各机构、产学研、团队人的协同创新，让机构、人才、装置、资金、项目都充分活跃起来，形成推动科技创新的强大合力。处理好政府和市场的关系，优化科技资源配置，建立以企业为主体、市场为导向、产学研深度融合的技术创新体系。强化企业的创新主体地位，支持企业牵头组建创新联合体，推动产业链上中下游、大中小企业融通创新。
注重系统的开放性，统筹国内国际两个大局。系统有封闭系统和开放系统之分，系统一旦走向封闭，必将走向沉寂。这就要求我们要在国际范围内实施更加开放包容、互惠共享的科技合作战略，与世界主要创新国家开展多层次、广领域的科技交流合作，积极参与并构建多边科技合作机制。用好国际国内两种资源，使我国成为全球科技开放合作的广阔舞台。科学技术应该造福全人类，各国科学家们应该集思广益，增进共识，促进合作，使科技创新更好造福世界各国人民。中国科学家们应深度参与全球创新治理，聚焦事关全球可持续发展的重大科技问题，推动构建人类命运共同体。
注重系统的突变性，统筹发展和安全。发展给系统带来变化，变化则意味着可能带来系统的突变性与风险性。科技安全是国家安全的重要组成部分，是支撑和保障其他领域安全的力量源泉和逻辑起点，是塑造中国特色国家安全的物质技术基础。只有把核心技术掌握在自己手中，才能真正掌握竞争和发展的主动权，才能从根本上保障国家经济安全、国防安全和其他安全。这就要求我们要加快提升自主创新能力，用科技自立自强维护科技自身安全，为保障国家主权、安全、发展利益提供强大的科技支撑。
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